Trybunał składa się z następujących organów:
Prezydium
Prezes oraz pierwszy i drugi wiceprezes Trybunału są wybierani absolutną większością głosów i pełnią swe funkcje przez trzy lata lub do końca swojej sędziowskiej kadencji. Prezes i wiceprezes Trybunału mogą być wybierani na te funkcje dwukrotnie.
Pierwszy wiceprezes zastępuje prezesa w przypadku jego nieobecności lub niezdolności do pracy. Drugi wiceprezes zastępuje prezesa w przypadku, gdy zarówno prezes, jak i pierwszy wiceprezes nie mogą pełnić swych funkcji.
Prezes wraz z wiceprezesami stanowią Prezydium Trybunału. Do obowiązków tego organu należy właściwe administrowanie pracą Trybunału - za wyjątkiem Biura Prokuratora - oraz wykonywanie innych zadań nałożonych przez Statut. Prezydium i prokurator dążą do osiągnięcia zbieżnych stanowisk odnośnie rozstrzygania poszczególnych kwestii.
Wydział Odwoławczy, Wydział Orzekający i Wydział Przygotowawczy
Wydział Odwoławczy składa się z prezesa i czterech sędziów, natomiast Wydział Orzekający i Wydział Przygotowawczy z co najmniej sześciu sędziów każdy. Przy przypisywaniu sędziów do wydziałów uwzględnia się kwalifikacje i doświadczenie poszczególnych sędziów. Chodzi o to, aby skład sędziowski każdego wydziału składał się zarówno z ekspertów w zakresie prawa karnego i jego procedur, jak i prawa międzynarodowego. Do Wydziału Orzekającego i Wydziału Przygotowawczego trafiają głównie sędziowie, którzy legitymują się doświadczeniem w zakresie karnych postępowań sądowych.
Sądową stroną działalności Trybunału zajmują się izby utworzone w ramach każdego wydziału. Zgodnie ze Statutem Trybunału i Regulaminem Postępowania:
- Izba Odwoławcza składa się ze wszystkich sędziów Wydziału Odwoławczego;
- W skład Izby Orzekającej wchodzą trzej sędziowie Wydziału Orzekającego;
- Zadania Izby Przygotowawczej wykonują albo trzej sędziowie Wydziału Przygotowawczego, albo jeden sędzia tego wydziału,
Urząd Prokuratora
Urząd Prokuratora jest niezależnym, wydzielonym organem Trybunału. Pracownicy Urzędu są odpowiedzialni za przyjmowanie powiadomień o popełnieniu przestępstwa oraz wszelkich popartych dowodami informacji o przestępstwach objętych jurysdykcją Trybunału oraz ich badaniem. Prowadzą również dochodzenia i postępowania sądowe. Osoby zatrudnione w Urzędzie Prokuratora nie mogą zwracać się po instrukcje do jakiegokolwiek zewnętrznego źródła ani kierować się takimi instrukcjami.
Pracami Urzędu kieruje prokurator. Ma on pełną władzę w sferze zarządzania i czynności administracyjnych i oraz podejmuje wszelkie decyzje dotyczące kadry, bazy materialnej i innych zasobów Urzędu. Prokurator korzysta z pomocy jednego lub kilku zastępców prokuratora, którzy są uprawnieni do wykonywania wszelkich zadań, jakie nakłada na Urząd Prokuratora Statut Trybunału.
Prokurator wybierany jest w tajnym głosowaniu przez absolutną większość uczestników Zgromadzenia Państw-Stron. Jego zastępcy są wybierani w ten sam sposób z listy trzech kandydatów, przedstawionej przez prokuratora. Jeśli podczas wyborów Zgromadzenie Państw-Stron nie zadecyduje o skróceniu kadencji, prokurator i jego zastępcy będą pełnić swe funkcje przez dziewięć lat bez prawa do ponownego wyboru.
Prokurator może mianować doradców, będących ekspertami w sferze konkretnych zagadnień prawnych. Do takich zagadnień należą, między innymi, przemoc seksualna czy przemoc wobec dzieci.
Sekretariat
Sekretariat jest organem odpowiedzialnym za czynności administracyjne Trybunału, niezwiązane z jego działalnością sądowniczą. Na czele Sekretariatu stoi Sekretarz, który podlega służbowo prezesowi Trybunału.
Sekretarz wybierany jest absolutną większością głosów w tajnym głosowaniu. Wyboru dokonują sędziowie Trybunału, którzy biorą pod uwagę wszelkie rekomendacje wystawione przez Zgromadzenie Państw-Stron.
W ramach Sekretariatu działa Biuro do spraw Pokrzywdzonych i Świadków. Biuro to zapewnia - w porozumieniu z Urzędem Prokuratora - ochronę, bezpieczeństwo, doradztwo i inne formy pomocy ofiarom i świadkom zeznającym przed Trybunałem. Chroni też osoby, dla których zeznania ofiar i świadków mogą stanowić zagrożenie. W skład Biura wchodzą pracownicy, mający odpowiednie kwalifikacje do zajmowania się osobami cierpiącymi na różne urazy, w tym urazy spowodowane przemocą seksualną.
Zgromadzenie Państw-Stron
Każde Państwo-Strona ma jednego przedstawiciela w Zgromadzeniu Państw-Stron, które zajmuje się rozpatrywaniem i realizacją zaleceń Komisji Przygotowawczej, sprawowaniem nadzoru nad Prezydium, Prokuratorem oraz Sekretarzem w zakresie czynności administracyjnych, rozpatrywaniem oraz uchwalaniem budżetu Trybunału i decydowaniem o zmianie liczby sędziów.
Zgromadzenie Państw-Stron posiada Biuro składające się z prezesa, dwóch wiceprezesów oraz 18 członków wybieranych przez Zgromadzenie na trzyletnią kadencję. Biuro ma charakter reprezentatywny pod względem geograficznym i przewiduje udział przedstawicieli różnych światowych systemów prawnych.
Zgromadzenie Państw-Stron może w razie konieczności utworzyć organy pomocnicze, w tym niezależny mechanizm służący kontroli, ocenie oraz badaniu pracy Trybunału w celu podniesienia efektywności jego działania i usprawnienia zarządzania.
Posiedzenia Zgromadzenia Państw-Stron odbywają się w siedzibie Trybunału lub w głównej siedzibie Organizacji Narodów Zjednoczonych raz w roku, a jeśli okoliczności tego wymagają, odbywać się będą specjalne posiedzenia. Z wyjątkiem przypadków przewidzianych w niniejszym Statucie, posiedzenia specjalne Zgromadzenia są zwoływane z inicjatywy Biura lub na wniosek jednej trzeciej Państw-Stron.
Każde Państwo-Strona posiada jeden głos. Zgromadzenie i Biuro powinny dążyć ze wszystkich sił do tego, aby ich decyzje były podejmowane w drodze konsensusu.
Urzędowymi i roboczymi językami Zgromadzenia są języki obowiązujące podczas obrad Zgromadzenia Ogólnego Narodów Zjednoczonych.