Wojna domowa w Sudanie wybuchła już pod koniec 1955 roku przed ogłoszeniem niepodległości spod panowania brytyjsko-egipskiego (1 stycznia 1956 roku). Powodem buntu murzyńskiej ludności z południa kraju (bunt w Torit) było niezadowolenie z politycznej i gospodarczej dominacji muzułmańskich Arabów z Północy. Rebelianci domagali się większej niezależności polityczno-ekonomicznej Południa (łącznie z secesją), innego podziału zasobów naturalnych i władzy oraz zmiany statusu religii islamskiej w państwie.
W latach 1955 - 1972 trwały regularne walki pomiędzy siłami rządowymi z Północy a siłami rebeliantów "Anyaya Forces" z Południa. Podpisane w 1972 roku w Addis Ababa porozumienie przyznające Południu większą autonomię zapewniło Sudanowi pokój na 11 lat. Konflikt rozgorzał na nowo w 1983 roku (bunt w Bor) po decyzji prezydenta Nimeiri ograniczającej autonomię władz z Południa. Decyzja ta była poprzedzona odkryciem złóż ropy naftowej na południu Sudanu. Z rozwiązanych w 1972 roku sił "Anyaya" i uczestników buntu w Bor została uformowana Armia Wyzwolenia Sudanu (SLM/A), która stanowiła od tej pory główną siłę rebeliancką.