Kamieniem milowym w konflikcie sudańskim było podpisanie 9 stycznia 2005 r. w Nairobi (Kenia) całościowego porozumienia pokojowego (Comprehensive Peace Agreement - CPA). Przewidywało ono przeprowadzenie powszechnych wyborów oraz referendum na południu kraju w sprawie oddzielenia Południa od Północy. Powołano również komisję, która opracowała tymczasową konstytucję Sudanu.
Planowane wybory odbyły się w dniach 11- 15 kwietnia 2010 r. Były to pierwsze powszechne wybory od 24 lat. Miały charakter kompleksowy i dotyczyły wyboru: prezydenta Republiki Sudanu, prezydenta Południa, gubernatorów, członków Zgromadzenia Parlamentarnego, członków Zgromadzenia Ustawodawczego Sudanu Południowego i członków Narodowego Zgromadzenia Ustawodawczego. Prezydentem Republiki Sudanu został Omar al-Bashir, podczas gdy na południu kraju zdecydowanie zwyciężył Salva Kiir Mayardit. Mimo, że władze Północy i Południa zobowiązały się do pokojowej współpracy, wybory nie oznaczały jeszcze końca konfliktu sudańskiego.
Długo oczekiwany przełom nastąpił 9 stycznia 2011 r., kiedy to rozpoczęło się trwające 7 dni referendum w sprawie odłączenia się południowej części Sudanu od Republiki Sudanu. Po przeszło 50 latach wojny domowej Południe uniezależniło się od Północy. 3,9 miliona ludzi było uprawnionych do udziału w głosowaniu. Frekwencja wyborcza wyniosła 75%. Ze względu na wysoki poziom analfabetyzmu, karty do głosowania przygotowane zostały w formie obrazkowej. Otwarta dłoń symbolizowała separację, a dwie dłonie w uścisku oznaczały jedność Sudanu.
ONZ zapewniło głównie pomoc techniczną m.in. przetransportowano 1,2 miliona kilogramów materiałów niezbędnych do przeprowadzenia referendum. Tysiące oficerów sudańskiej policji zostało specjalnie przeszkolonych, by wspólnie z członkami misji pokojowej ONZ w Sudanie (UNMIS) zapewnić bezpieczny przebieg głosowania.
Wynik referendum nie był zaskoczeniem - za dokonaniem secesji opowiedziało się 98,83% głosujących. Prezydent Sudanu zaakceptował decyzję wyborców. Wydawało się, że wieloletni spór został zażegnany. Jednak wkrótce po ogłoszeniu wyników, wybuchł konflikt w Kordofanie Południowym (link do: konflikt w Kordofanie Południowym). Sporna pozostaje przynależność tego regionu, w szczególności miasta Abyei, które po podpisaniu całościowego porozumienia pokojowego, uzyskało specjalny status administracyjny i było wspólnie zarządzane przez Północ i Południe.
Całościowe porozumienie pokojowe faktycznie okazało się przełomem w historii Sudanu. W rezultacie doprowadziło do utworzenia nowego państwa - Republiki Sudanu Południowego .
Wcześniejsze próby pojedniania
Pierwsze ustalenia zmierzające do zakończenia konfliktu Północ-Południe miały miejsce w 1997 roku. Doszło do podpisania Deklaracji Zasad (Declaration of Principles), która stanowiła o jedności Sudanu, demokratycznym i świeckim charakterze państwa i sprawiedliwym podziale zasobów. Przewidywała, że w przypadku złamania tych zasad przez rząd, miało zostanie przeprowadzone na Południu referendum w sprawie secesji. Deklaracja ta nie zdołała zakończyć konfliktu sudańskiego z powodu nieprzestrzegania jej postanowień przez strony.
W 2002 r. zostały podjęte kolejne negocjacje między rządem a Armią Wyzwolenia Sudanu (SLM/A). Prowadzone pod egidą Międzyrządowej Organizacji Rozwoju (Inter-Governmental Authority on Development - IGAD) i przy pomocy Troiki (USA, Wielka Brytania i Norwegia) rozmowy doprowadziły do podpisania 20 czerwca 2002 roku Protokołu z Machakos. Zawierał on cztery postanowienia dotyczące struktury władzy, składu rządu, okresu przejściowego i prawa do samookreślenia się ludności z Południa. Konsekwencją podpisania protokołu było także zawieszenie broni i zgoda obu stron na kontynuowanie negocjacji pokojowych.
Kolejnym krokiem do rozwiązania konfliktu był szereg protokołów podpisanych w Naivasha (Kenia) w 2003 i 2004 roku. Najważniejszym z nich był protokół kończący negocjacje w Naivasha podpisany 31 grudnia 2004 dotyczący permanentnego zawieszenia broni.
dla mieszkańców Sudanu"
Jan Pronk, Specjalny Przedstawiciel Sekretarza Generalnego ONZ w Sudanie
(styczeń 2005 r.)
Porozumienie spisane jest w duchu idei wspierania stabilności, odnowy i rozwoju wszystkich regionów Sudanu poprzez wspólne sprawowanie władzy i sprawiedliwy rozdział bogactw kraju. Dokument ten oraz poprzedzające go protokoły z Naivasha, prócz odniesienia się do konfliktu na południu, stanowią model rozwiązania dla innych ogarniętych przemocą regionów Sudanu, takich jak Darfur, gdzie sytuacja jest wciąż bardzo zła; strony konfliktu w Darfurze powinni czerpać inspirację z porozumienia zawartego na południu i jak najszybciej dążyć do osiągnięcia szeroko zakrojonego politycznego rozwiązania w swoim regionie.
Minął rok 2004, rozpoczął się nowy, lecz dla ludności Darfuru wciąż nie pojawia się światełko w tunelu. Obie walczące strony wciąż łamały wszystkie ustalenia przyjęte podczas rozmów pokojowych w Abuja i obecnie wiele wskazuje na to, iż nie mogą zdobyć się na ruch w kierunku politycznego rozwiązania konfliktu. Tymczasem ludność nadal cierpi.
Należy utrzymać i umocnić to, co udało się osiągnąć w Naivasha. Nie wolno popełnić błędu, gdyż osiągnięcia te są jeszcze zbyt kruche, by uważać je za pewne. Aby zapanował pokój, potrzeba czegoś więcej niż samych podpisów. Przyszłość niesie jeszcze wiele wyzwań, zanim pokój stanie się faktem. Można już obecnie określić siedem priorytetowych zadań na nadchodzące dni i miesiące. Po pierwsze, należy przeprowadzić na południu rozmowy z innymi ruchami, które nie brały udziału w spotkaniu w Naivasha, by upewnić się, że będą przestrzegać ustaleń pokojowych. Po drugie, należy niezwłocznie znaleźć rozwiązanie konfliktu w Darfurze, gdyż w innym przypadku osiągnięcia wypracowane w Naivasha znajdą się w poważnym niebezpieczeństwie. Po trzecie, trzeba również zwrócić należytą uwagę na konflikty na wschodzie i północy Sudanu. Przede wszystkim należy zwołać krajową konferencję, zorganizowaną przez nowy rząd, w której wszystkie partie Sudanu będą uczestniczyć na zasadzie równości. Po czwarte, 6 milionom osób przesiedlonych i uchodźców - a jest to liczba ogromna - trzeba będzie umożliwić powrót i ponowne osiedlenie w miejscu pochodzenia. Po piąte, konieczne będzie rozbrojenie, demobilizacja i przywrócenie na łono społeczeństwa rzeszy bojowników. Trzeba będzie im pomóc w przystosowaniu się z powrotem do cywilnego życia, a do tego będą potrzebowali pracy. Doświadczenie uczy, że jeśli byłym żołnierzom nie zapewni się sposobu utrzymania, programy readaptacyjne i reintegracyjne ponoszą porażkę. Po szóste, gdy kończy się wojna, nie oznacza to końca cierpień ludności - za sprawą min, wszechobecnych tam, gdzie uprzednio toczyły się walki. Sudan nie jest wyjątkiem. Miny są wszędzie i będą dalej zabijać, o ile nie rozbroi się ich przed masowymi powrotami uchodźców na dawne tereny zamieszkania. Po siódme i ostatnie, perspektywa pokoju niesie ze sobą wysokie oczekiwania względem rozwoju. Należy tym oczekiwaniom sprostać. Ofiarodawcy będą musieli utrzymać pomoc rozwojową dla Sudanu. Co jeszcze ważniejsze, bogactwa i zasoby tego kraju powinny być przeznaczone na tworzenie programów rozwojowych, które zmierzą się z najpoważniejszą z przyczyn konfliktów: ubóstwem i niedorozwojem gospodarczym.
Teraz, gdy całościowe porozumienie pokojowe zostało podpisane, Organizacja Narodów Zjednoczonych przygotowuje się do szybkiego działania i wkrótce wyśle do Sudanu misję wsparcia pokoju. Stoi przed nią gigantyczne zadanie. Trzeba dołożyć wszelkich starań, by zapewnić jej pomyślność, gdy wspólnie z Sudańczykami będzie starała się zapewnić pokój w kraju wstrząsanym wojnami od chwili osiągnięcia niepodległości. Rada Bezpieczeństwa ONZ będzie musiała odpowiednio zmodyfikować swoje podejście do ogólnej sytuacji w Sudanie. Potrzebna jest wszechstronna i jednolita strategia, by można było skutecznie zareagować na skomplikowaną i niejednoznaczną sytuację w tym państwie, postawić kraj na nogi i wprowadzić go na drogę ku trwałemu pokojowi i zrównoważonemu rozwojowi. Sudańscy przywódcy - wszyscy przywódcy - będą musieli stanąć na wysokości zadania. Główną odpowiedzialnością, która na nich spoczywa, jest spełnienie nadziei ludzi na spokojną i pomyślną przyszłość. Będą musieli pokazać, iż są w stanie wygrać tę walkę o pokój. Będą musieli zdać sobie sprawę, że czeka ich jeszcze długa droga, zanim to zwycięstwo osiągną.
Teraz, gdy podpisanie porozumienia pokojowego mamy za sobą, Sudan stanie się świadkiem momentu zwrotnego w swojej historii. Sudańczycy mają obowiązek wobec siebie samych, wobec wszystkich, którzy zginęli w tej wojnie, wobec milionów ludzi pozbawionych wszelkich środków do prowadzenia uczciwego życia, wobec milionów ludzi wypędzonych oraz uchodźców rozproszonych po kraju, by zakończyć cierpienia i wprowadzić naród na pewny kurs ku pokojowi, stabilności i pomyślności.